Das Schulgebäude erstreckt sich auf zwei Etagen plus Seitenflügel und Dachgeschoss. Es verfügt im Erdgeschoss über einen Klassenraum, den im Gebäude integrierten Hort mit Küche, eine Garderobe, einen der beiden Toilettenbereiche und einen Turnraum. In der ersten Etage befinden sich zwei Klassenzimmer, ein weiterer Toilettenbereich, ein Fachraum für den Werkenunterricht, das Lehrerzimmer sowie das Sekretariat und das Zimmer der Schulleiterin. Im Seitenflügel des Gebäudes ist ein weiteres Klassenzimmer untergebracht. Mehrere Spielzimmer, eine Küche mit Speiseraum, ein Computerzimmer sowie die Schulbibliothek sind im Dachgeschoss zu finden. Alle Klassenräume der Schule strahlen eine kinderfreundliche Lernatmosphäre und ein helles und angenehmes Raumklima aus.
Die Grundschule Affalter zeichnet sich besonders durch ein weitläufiges und naturnahes Umfeld aus. Das Außengelände der Schule bietet den Kindern den heute immer knapper werdenden aber für eine gesunde Entwicklung nötigen Bewegungsfreiraum. Es finden sich vielfältige Möglichkeiten die Natur kennenzulernen, zu erforschen und Erfahrungen für einen verantwortungsvollen Umgang mit ihr zu sammeln. Um das Schulgebäude erstreckt sich ein weitläufiges, naturnahes Außengelände, angrenzende Grundstücke sind zum großen Teil unbebaut. Im eingezäunten Bereich der Schule befinden sich der Spielplatz, eine großzügige Spielwiese, die im Winter zum Rodeln und sonst als „grünes Klassenzimmer“ genutzt wird, der Schulgarten, ein Bauwagen für Projekte und Ganztagsangebote, ein Bach und der Teich (zusätzlich eingezäunt). Im Außengelände liegt außerdem der längste Bahrfußpfad der Region sowie das Feuchtraumbiotop. Auch ein Bienenvolk gehört zur Schule. Weiterhin wird der gegenüber der Schule liegende Kunstrasensportplatz und dessen angrenzender Naturraum mit Wald und Feld für den Sportunterricht, für Schulprojekte und auch von den Hortkindern genutzt.
Der bauliche Zustand der Schule ist als gut zu bezeichnen. Das Gebäude wurde 1990 umfassend saniert. Im Jahr 2013 erfolgten der Bau der Außenfluchttreppen sowie weitere wichtige brandschutztechnische Maßnahmen im Gebäude. 2014 wurde die Schule an eine neue Kläranlage angebunden. Auch der Um/Neubau des Spielplatzes auf dem Schulgelände wurde im Jahr 2014 realisiert. Neben kleineren Instandsetzungsarbeiten wurde 2019 der Hof der Schule neu gepflastert. Die vollumfängliche Renovierung des Anbaus mit dem Turnraum wurde 2020 durchgeführt. 2021 erfolgte die Umsetzung eines Schul-IT-Konzepts (Anbindung schnelles Internet, Ausrüstung der Lehrer mit entsprechender Hardware, LAN-Anbindung Klassenzimmer etc.). 2023 wurden die Klassenzimmer neu renoviert.